Le Port-musée est aussi un acteur de la recherche scientifique. Plusieurs de ses agents participent régulièrement à des rencontres, formations et table-rondes et ont une activité scientifique en leur nom propre.
Parallèlement, le musée organise des colloques, en partenariat avec le monde universitaire. Ceux-ci s’appuient sur une exposition ou un thème mis à l’honneur à l’occasion d’une année particulière. Il met alors à disposition son auditorium de 110 places et participe à la publication des actes.
Enfin, à l’occasion des expositions, différents catalogues ou ouvrages sont publiés pour et par le musée. Il peut s’agir de petits formats, mais aussi d’ouvrages beaucoup plus ambitieux réunissant les plus éminents spécialistes, que cela soit dans le domaine de l’histoire, des sciences appliqués, de la géographie ou des beaux-arts.